国立情報学研究所は、本研究所の特色である情報学の包括的研究体制、学術情報サービス事業を研究開発と一体のものとして行う実践的環境を活用して、広い視野と高度な専門性及び指導力を持った研究者、真に問題解決能力を持った研究者の育成を目指し、主に、３つの形態で大学院教育を実施しています。
 総合研究大学院大学複合科学研究科 情報学専攻 |
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| 国立情報学研究所は、総合研究大学院大学複合科学研究科に情報学専攻を開設し、5年一貫制博士課程と博士後期課程を設置しています。 情報学専攻の教育研究指導は、東京の中心部（東京都千代田区）に位置する本研究所において行っています。 |
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総合研究大学院大学 |
| 連携大学院 |
| 東京大学、東京工業大学及び早稲田大学の大学院との連携協力協定に基づき、本研究所に大学院生を受入れ研究指導を行っています。 |
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 東京大学大学院 情報理工学系研究科 東京工業大学大学院 情報理工学研究科 東京工業大学大学院 総合理工学研究科 早稲田大学大学院 理工学研究科 |
| 特別共同利用研究員 |
| 他大学の大学院生を特別共同利用研究員（受託大学院生）として受入れ、研究課題に応じた研究所の教員が研究教育指導を行っています。 |
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