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JUSTICEは、国公私立大学図書館協力委員会とNIIが設置する「連携・協力推進会議」の下に置かれており、「運営委員会」と「作業部会」、NIIの学術基盤推進部内に設置される図書館連携・協力室が担当する「事務局」により運営されます。
運営委員会はJUSTICEの運営に関する基本方針を策定します。具体的な活動は、運営委員会の下に設置された作業部会が担当します。事務局は、出版社等との交渉およびその準備、コンソーシアム参加機関への情報提供、学術情報流通に関する情報収集、参加機関の契約状況等の調査、関係団体との連絡・調整等を担当します。
□ 連携・協力推進会議
大学等教育研究機関において不可欠な学術情報の確保と発信の一層の強化を図ることを目指し、関連する諸事項の協議を行います。
東京大学附属図書館
筑波大学附属図書館
横浜市立大学学術情報センター
大阪市立大学学術情報総合センター
早稲田大学図書館
慶應義塾大学メディアセンター
国立情報学研究所
（平成25年4月1日現在）
□ 運営委員会
JUSTICEの運営に関する基本方針を策定する役割を担う組織が運営委員会です。
委員は、会員館およびNIIの職員の中から「連携・協力推進会議」が指名し、JUSTICEの総会が承認します。運営委員会委員の任期は1年（4月〜3月）で、再任も可能です。
運営委員会の委員長は委員の互選によって選出され、運営委員会委員長がJUSTICEの代表者となります。年4回（運営委員会委員長が必要と認めた場合は追加して開催する）の会議の他、個別の事案に関しては、運営委員会用メーリングリストを活用し、随時協議を行っています。
＜運営委員会委員＞
中元 誠 早稲田大学図書館事務部長 （委員長）
関川 雅彦 東京大学附属図書館事務部長
木下 聡 東京大学附属図書館情報管理課長
小陳 左和子 一橋大学学術・図書部学術情報課長
加藤 晃一 京都大学附属図書館情報管理課長
加藤 信哉 筑波大学附属図書館副館長
富岡 俊次 横浜市立大学学術情報課長
赤崎 久美 大阪府立大学学術情報センター学術情報室長
市古 みどり 慶應義塾大学メディアセンター日吉メディアセンター事務長
北川 正路 東京慈恵会医科大学学術情報センター課長補佐
柴尾 晋 明治大学和泉図書館事務室副参事
安本 裕和 関西学院大学図書館事務部次長
尾城 孝一 国立情報学研究所学術基盤推進部次長
熊渕 智行 国立情報学研究所学術基盤推進部図書館連携・協力室長
（平成25年4月1日現在）
□ 作業部会
JUSTICEの具体的な活動のために、運営委員会の下に作業部会が設置されています。
作業部会は会員館の職員（主に担当職員）により構成されています。作業部会委員の任期は1年（4月〜3月）で、再任も可能です。設置すべき作業部会の決定や作業部会委員の選出は、運営委員会において行います。作業部会の主査は、運営委員会委員の中から選出されます。
作業部会の活動に必要な場合は、作業部会委員以外の協力を得ることも可能です。
現在、以下の３つの作業部会が設置されています。なお、今後の活動の状況に応じて作業部会の追加や統廃合が行われる可能性があります。
交渉作業部会
・電子リソースの購入、利用提供、保存等の条件の確定に向けた出版社等との交渉を担当します。
・会員館や出版社等を対象とした説明会等の企画を担当します。
調査作業部会
・JUSTICEの活動に必要な、会員館を対象とした調査を企画し、実施します。
・電子リソースの購入、利用提供、保存等に係る国内外の関係団体等の活動状況の調査を担当します。
広報作業部会
・広報誌『jusmine』の発行や、JUSTICEの活動に必要な広報用資料の企画等を担当します。
・外部団体等が主催する行事等における広報活動の企画を担当します。
・電子リソースに係わる会員館職員の資質向上のための企画を担当します。